"Bohumil Ryba, v úvodu svého příspěvku do Sborníku historického, který věnoval památce profesora Václava Chaloupeckého, upozorňuje, že na stopy tajného, šifrovaného písma v rukopisných opisech listů Husových poprvé upozornil jejich vydavatel Václav Novotný, ale řešení otázky se zdržel.

Jeho upozornění zní takto: Nacházíme-li v č. 139 v rukopise Us napomenutí panu Václavovi z Dubé, aby se oženil, a čteme-li zde místo „uxorem“ (manželku), jiných rukopisů čtyři nesouvislá písmena, může to snad býti jen nezřetelně psáno. Ale v č. 126, témž, o němž víme, že je v rukopise složeno z několika úryvků, najdeme – a není asi náhoda, že právě v něm napomíná Hus přátele k opatrnosti s listy – tam, kde Hus mluví o svých snech, a kde ostatní rukopisy čtou „post narracionem dominus Johannes statim in nocte dixit“, místo slov „dominus Johannes“ záhadnou skupinu. Pak následoval malý štoček, zobrazující to, co je uvedeno v úryvku z rukopisu č. 1. A ještě nápadněji to vystupuje ke konci téhož čísla, tedy v čísle 126, kde v českém přípisku „král ne uherský“ nahrazena značkou „král…“ (opět následoval malý štoček, který je uveden v úryvku č. 2. Zde se podle Ryby nelze spokojit vysvětlením, že toto místo, třeba česky psané, nemá být srozumitelné každému. Tam v č. 159 Hus praví Petrovi z Mladoňovic, jemuž je list psán: „ et aliquos Vicleph, qui tibi placebunt, accipies“, ale závadné slovo „Vicleph“ není v rukopise vypsáno, nýbrž místo něho najdeme to co obsahuje úryvek č. 4. A že zde nejde o přepsání, nýbrž o značku, která by nebyla každému srozumitelná, patrno z toho,, že jistý písař toto slovo úplně vynechává a místo něho vkládá „ex eis“. Byla jim patrně značka již nesrozumitelná. Z toho je podle Ryby úplně jasné, že v tom můžeme spatřovat stopy tajného šifrovaného písma, jímž měla být některá choulostivá místa zatajena.

Podle Ryby je možné dobrat se původní podoby, jestliže vyjdeme ze středověké kryptografie. Ta šla jasně ve šlépjejích antiky. V Suetoniově biografii Iulia Caesara je zpráva o tom, že ve svých důvěrných dopisech užíval Caesar pro ta slova, která měla zůstat tajemstvím pro případ, že by list otevřel někdo nepovolaný, tajného písma, opírajícího se o soustavnou záměnu každého písma každého písmene následujícím čtvrtým: Caesar psal v takovýchto případech D místo A, E místo B atd. Pohodlnější pro pisatele byl ale obměněný systém Augustův, o kterém hovoří také Suetonius. Při němž se každé písmeno abecedy nahrazovalo písmenem bezprostředně následujícím: psal B místo A, C místo B atd. Ve středověku byl tedy rozšířenější Augustův styl zjednodušený, totiž omezený jen na nahrazování samohlásek následujícím abecedním znakem.

např. K b r p l x s = Karolus
T h f p f k l b c t x s = Theofilactus
R b k m x n d x s = Raimundus"