1.

Definice

2.

Historie

3.	Základní pojmy

3.1.	Biotické složky životního prostředí

3.1.1.

Látkové složení organismů

3.1.2.

Biotické jednotky

3.1.2.1.

Buňka

3.1.2.2.

Organismus

3.2.	Abiotické složky životního prostředí

3.2.1.

Sluneční záření

3.2.2.

Atmosféra

3.2.3.

Hydrosféra

3.2.4.

Pedosféra

4.	Biogeochemické cykly

5.

Ekosystém

5.1.	Biotické podmínky v ekosystému

5.2.	Efektivnost ekosystémů

5.3.

Biomasa

5.4.	Lidský faktor v ekosystémech

6.

Rostliny

6.1.	Výživa rostlin

6.2.	Fotosyntéza

6.3.	Ochranné látky rostlin

6.4.	Paraziti rostlin

7.	Mikrobiologie

7.1.	Vlastnosti mikroorganismů

7.2.

Rozdělení

7.2.1.

Prokaryotní mikroorganismy

7.2.2.

Autotrofní a heterotrofní bakterie

7.2.3.

Aerobní a anaerobní bakterie

7.2.4.

Eukaryotní organismy

7.2.5.

Viry

7.3.	Vliv vnějšího prostředí

7.4.	Vzájemné vztahy mikroorganismů

7.5.	Chemická komunikace mezi organismy

7.5.1.

Vnitrodruhové chemické signály a semiochemikálie

7.5.2.

Mezidruhové chemické vlivy a semiochemikálie

"HUMUS
Ze všech organických živočišných i rostlinných odpadů vzniká biodegradačními procesy, činností hub a mikroorganismů, humus, který je souborem organických látek rostlinného i živočišného původu, které jsou v různém stupni rozkladu.
Humifikace opadanky = tvorba humusu
Postupný rozklad organické hmoty, biologický proces urychlovaný vyšší teplotou a vlhkostí. Směrem do hlubších vrstev je humus postupně stále více promícháván s minerální složkou půdy, výsledkem jsou organické půdní koloidy, které mají tmavě hnědé zbarvení a obsahují huminové kyseliny a jejich soli = huminy a fulvokyseliny a jejich soli (stále se jedná o heterogenní prostředí - org. a anorg. složka oddělena).
huminové kyseliny - velké polymery, jejichž stavební prvky jsou rovněž složité komplexní molekuly tvořené aromatickými iso- nebo heterocyklickým skeletem, ten je propojen kyslíkovými nebo dusíkovými můstky a nese reaktivní skupiny (většinou methoxylové -OCH3, nebo aminoskupiny NH2-)
fulvokyseliny - organické polymerové kyseliny bohaté především na fenolovou složku, silná redukce dusíkatých reaktivních skupin
Mezi huminovými kyselinami nebo fulvokyselinami a jíly vznikají velmi silné komplexy, v některých půdách až 50% nebo dokonce všechen půdní uhlík spojen do komplexů s jíly a pevně jimi poután (homogenizace, chemické propojení organiky a anorganiky) => determinace fyzikálních vlastností půdy

Opadanka je nejprozkoumanější organickou potravou (listí a jehličí), v oblastech mírného pásma činí vrstva opadaného listí a jehličí 3 tuny/ha/rok, v tropických lesích (listnatých) je to až 15 tun/ha/rok.
Spadlé listí obsahuje:
polysacharidy (škrob, celulóza)
lignin 10-30%
bílkoviny (v malé míře)
oleje, vosky, tanin (tříslovina)
pryskyřice
minerální látky (Ca 1,5-2%, K v opadance pouze 0,5%, esenciální prvek pro rostliny, před opadáváním listí přechází draslík do kmenů a větví, Na 1%, P < 0,2 %...)

Suché spadané listí, obvykle chudé na obsah vody, po zvlhčení a stlačení - vyluhování rozpustných solí a obalení odumřelých listů vodním filmem. Stonožky, mlži, plži a podobní trhají listy a další odpad na jemné kousky a trávením je mění v granule, které spojují ale neslučují s nepohlcenými rostlinnými pletivy a částicemi půdy a vzniká tak směs drť (moder). Obsahuje ještě velké množství celulózy a ligninu. Je to prostředí příznivé pro další rozkladnou činnost zejména hub, ale i bakterií, sinic a řas. Tyto mikroorganismy začínají na změkčené a natrávené hmotě svoje potravinové rozkladné řetězce a vzniká tak měl, který je stále směsí. Má charakteristické tmavé zabarvení díky zvýšenému obsahu uhlíkatých sloučenin, resp. uhlíku.
Zdroj výživy pro malé heterotrofní organismy s krátkým životním cyklem, ale ohromným výkonem (bakterie, houby, plísně...). V půdě dále probíhá velmi složitá činnost různých drobných organismů (larev, brouků, roztočů, mravenců...), tyto organismy soupeří rovněž o organické zbytky, které by jinak měly tendenci hromadit se, čímž by mohly vyvolat takové zdržení cyklu uhlíku, že by se v extrémním případě zastavil život na Zemi.
Konečný výsledek činnosti těchto drobných organismů a mikroorganismů (bakterií, plísní a hub) je uvolnění prvků jako C, O, H, N, P, S a to ve formě, kterou mohou vyšší rostliny - asimilovat, jde o proces mineralizace (jakmile dochází k uvolňování anorg. komponent), uvolňování minerálních živin z organických látek, jejich úplný rozklad, při němž je uvolňována poslední část energie původně vázaná fotosyntézou rostlin (rozkladné bakterie spotřebovávají kyslík a uvolňují energii).
Uhlík je mineralizován na CO2, z něhož fotosyntézou vzniká organická hmota, čímž se uzavírá cyklus.
Na bohaté půdě s velkou diverzitou druhů pokračuje aktivita dále především vlivem žížal (konzumují organické zbytky z půdy, spolu s anorganickými složkami je polykají , 1 žížala vyloučí za rok asi 0,5 kg trusu, ve střední Evropě nižší odhad počtu žížal - 30 000 kusů/ha, který může zpracovat 1,5 tuny listů za sezónu, tj. promísit 15 tun suché půdy). Žížaly upravují sekrecí ze zvláštních žláz živnou hmotu z půdy a rostlinných odpadů na neutrální nebo alkalické pH. Hmota zpracovaná žížalami je komplexním propojením anorganické zeminy a anorganických koloidů, strávená rostlinná hmota se zcela zapojuje do hlíny a vytváří jílovito-humusovité komplexy, jejichž složky již nelze mechanicky oddělit = mul (mydát, prsť) neboli jemný humus. Stálými pohyby žížal, které mají smíšenou organicko-minerální výživu, se mul zapojuje do svrchní vrstvy půdya dává jí obvykle temnější zabarvení.
Moder, měl a mul postupně vytvářejí tzv. koprogenní humus, který se vyznačuje existencí četné a rozmanité pedofauny. Mravenci jsou v ekosystémech často podceňováni - jejich úloha je však důležitá, např. v tropech termiti vynášejí zeminu z hloubky na povrch při tvorbě termitišť, čímž kypří tvrdou železitou půdu. V půdě existuje i makrofauna (krtek, myš...), provzdušňuje a promíchává půdu (humus do větších hloubek).
Význačný znak transformace rostlinné biomasy na kvalitní koprogenní humus je zvýšení poměru N:C."

Důležité pojmy jsou tučně zvýrazněny. Práce je na dobré úrovni.